Le prime notizie del fabbricato risalgono al XII secolo, in quanto sede delle monache benedettine nella città di Bologna fino al periodo napoleonico, durante il quale viene adibito a caserma.
Nel 1906 viene venduto all’Opera Pia di S. Anna che vi realizza un Ospizio e che, purtroppo, verrà gravemente danneggiato durante i bombardamenti della Seconda Guerra Mondiale. Per questo motivo l’amministrazione deciderà di ricostruire la sede altrove e di mettere in vendita lo stabile.
Nel 1952 esso viene comprato dalle Suore Francescane che già vi svolgevano un servizio di assistenza e cura delle anziane ospiti e che si assumono gli oneri della ricostruzione delle ali distrutte e della ristrutturazione generale di tutto l’immobile. Su indicazione dei Cardinali Nasalli Rocca e Lercaro, le Suore avviano successivamente un Convitto per le studentesse universitarie dell’Alma Mater.

Le Suore Francescane vivono attualmente nell’ala più antica del fabbricato, dove hanno una comunità religiosa e gli uffici della Sede Generalizia; inoltre gestiscono lo studentato “Santa Margherita”, dove risiedono 25 studentesse universitarie, e il Progetto di accoglienza “Cultura, speranza e pace”, che accoglie ragazze migranti attraverso i Corridoi Umanitari. Le sale al piano terra e la Chiesa sono spesso messe a disposizione per iniziative di carattere culturale, aggregativo e formativo.